Uprkos tome što “Stalkera” nije moguće prepričati (baš kao nijedan drugi film), zaplet je relativno jednostavan. U početku smo u naznakama upoznati sa nejasnom situacijom nastanka Zone na našoj planeti, predela koji mašta može da objasni kao posledicu interakcije sa vanzemaljskom civilizacijom, prirodne kataklizme, ili lokalnog, nepredviđenog događaja u fizici našeg sveta. Tokom filma shvatamo da se u središtu Zone nalazi soba u kojoj se ispunjavaju najdublje – pa i one skrivene, nesvesne i nepriznate – želje njenih posetilaca. Stalkeri su, kako saznajemo, pripadnici prokaženog, u očima sveta prokletog zanimanja, profesionalci koji poznaju neobične, vanljudske zakone kretanja po Zoni, čiji je posao da druge sprovedu kroz mnogobrojne opasnosti koje vrebaju u njoj do sobe u njenom središtu. Kroz lik jednog od njih, kog pratimo u izuzetnom izvođenju Aleksandra Kajdanovskog, shvatamo da su oni u toj ulozi duboko lično investirani. Stalker i njegova dva klijenta, Pisac i Naučnik – kako ćemo ih poznavati do kraja filma - trojka su čije diskusije i dileme pratimo tokom nesigurnog puta kroz Zonu, oslikanog u neponovljivom vizuelnom jeziku Tarkovskog. Taj put će ih odvesti do njenog središta i postaviti pred najdublje strahove, želje, skrivene motive, nade, patnje i konačno univerzalna pitanja o smislu životnog puta uopšte, za koji je putovanje kroz zabranjeni prostor metafora u kojoj se ogleda čitav film.
Na početku “Stalkera”, supruga vodiča kroz Zonu - čija su dva kratkotrajna pojavljivanja skoro pa ključ za tumačenje filma - preklinje ga da ne kreće ponovo u rizične poduhvate, podsećajući ga da može da završi u kandžama vlasti, koje strah od nepoznatnog i naklonost ka sporoj i dosadnoj ali sigurnoj građanskoj svakodnevnici sprečava da dopusti društvu slobodno istraživanje Zone. Ne obazirući se na plač svoje žene, Stalker nastavlja. Pri kraju filma, supruga se pojavljuje ponovo, tešeći Stalkera dok gorko sažaljeva ljude koje je poveo sa sobom, čiji su mozgovi, prema rečima koje izgovara, “atrofirali od neupotrebe”, ljude koje ambicije, banalnost i duboke lične nesigurnosti onemogućavaju da poveruju u bilo šta, a ne u čudo za koje on veruje da nalazi na kraju puta. Sama u kadru, ona pali cigaretu i objašnjava, pravo u kameru, da bi i uz svu gorčinu života koju je stekla uz svog supruga, i uprkos savetima majke, ona ponovo odabrala takav život, znajući ujedno da je proklet i da će joj sa njim biti dobro: “Bolja je i gorka sreća, nego siv i dosadan život”, u njenim rečima. Kraj “Stalkera” ne ostavlja nikakvu nadu u promenu situacije u kojoj se nalazi tročlana porodica Stalkera, njegove supruge i njihovog deteta oduzetih nogu. Celokupna drama prolaska kroz Zonu i suočavanja sa najtežim pitanjima postavljenim pred čoveka nije promenila ništa u svakodnevnici. Ipak, sam kraj filma u remek-delo Tarkovskog uvodi jednu nadu višeg reda od onog blatnjavog, razvaljenog, frustriranog i primitivnog u kome ih zatičemo u filmu. Stalkerova ćerka, u marami, za stolom na kome se nalaze tri čaše, čita stihove Fjodora Tjučeva, zatim spušta glavu na sto, posmatra čaše dok ih jednu po jednu psihokinetički približava ivici, ka posmatraču: jedna čaša pada, i uz Betovenovu devetu simfoniju, Tarkovski završava film.
