Neki krajevi kao npr Novi Zeland imaju impozantan biodiverzitet i hostuju mnogo razlicitih Psilocybe vrsta.
Uglavnom na sledecim dijagramima mogu se videti uzajamni odnosi izmedju vecine vrsta. Predstavljam vam evolucijsko drvo (kladogram) Psilocybe roda koje sam konstruisao bazirajuci ga na nekodirajucem delu DNK:
*za zoom kliknuti link:
media/images4/1646120147.jpg
media/images4/1646151766.jpg
Kako sam konstruisao dijagrame ukoliko nekog zanima ili ako zeli sam da pokusa:
Za multiple sequence alignment (slaganje sekvenci) koristio sam muscle i ClustalW algoritam. Drugi se pokazao kao bolji. Rezultate alignmenta korigovao sam koristeci guidance2. Data set inicijalnih sekvenci sam izuzetno pazljivo izabrao, na taj nacin da budu zastupljeni mnogi geotipovi. Ukoliko bih imao sekvence koje drasticno odstupaju ili remete alignment algoritam, obicno sam reverzno komplementirao te sekvence i onda bih dobijao smislene rezultate. Resio sam da ne radim kuraciju alajnovanih sekvenci preko Gblocka i slicnog software-a tako da su indeli i divergentni regioni ostali. Naravno kada su sekvence ovako sortirane, vidi se koji je indel od filogenetskog znacaja. A i moze se prepoznati i da li je insercija ili delicija gde su gapovi. Poceo sam da pravim matrice indela ali nemam vise vremena ni volje za to.
Sto se tice rekonstrukcije filogenije odnosno samog drveta, nema sta nisam probao. Uglavnom se svodi na maximum likelihood algoritam. Evolutivni tj supstitucioni model je Kimura 2-parameter. Statisticki test filogenije je bootstrap procedura, sa oko 1000 replikacija.
Za Outgroup izabrao sam Galerinu marginatu.
Naravno ovo je samo ITS lokus. Filogenija je slomljena ali znam i u kojim klejdovima. Moraju se koristiti i proteinski geni ili bar jos LSU da bi se resile odredjene grupe.
Sekvence sam fetchovao uglavnom iz GenBank baze (bazu hostuje us nacionalni institut za bio-tehnologiju) i tu se vidi accesion number, nekoliko je iz UNITE baze podataka, a neke sekvence su neobjavljene i to su one gde sam licno ekstraktovao hromatograme.
Ukoliko ovde ima studenata sa bioloskog ili slicnih fakulteta u Srbiji/Hrvatskoj/itd i hoce da objavi nesto od ovoga neka me kontaktira da bih dodao i druge lokuse i mozemo zajedno objaviti naucni rad (istrazivacki, doktorski i sl). Ali morali bi vise raditi na kuraciji dataseta i trebalo bi nam pola godine da resimo celu filogeniju, ali evo ovo je baza. Identifikovao sam 18 klejdova (highlightovani na drugom dijagramu) koji bi mogli da se publishuju kao sekcije u Psilocybe, a od toga ~40% korespondiraju Guzmanovim tradicionalnim morfoloskim sekcijama. Smislio sam opise i latinske nazive za svaki, a imam spremljeno i tipove. Niko nije objavio sekcije koje korespondiraju klejdovima iz ovog roda a uzimaju u obzir multi locus filogeniju, zasto da jedan takav naucni rad ne dodje sa Balkana ?
